На среднеиндоевропейском этапе это было два биконсонантных корня:
TW + KW.
Допускаю (но не очень охотно), что их было три:
TW + KW + XwX
В любом случае, первоначальное значение было примерно таким: прочный сосуд для жидкостей.
Праславянское звучание было таким:
tūkū.
Древнерусское и старославянское:
тыкы.
Сейчас это невозможно представить, чтобы существительное женского рода так выглядело в именительном падеже единственного числа, но тогда было так. Тогда число склонений было больше, чем сейчас. Во всех остальных падежах возникал корень тыкв-. Нынешняя ТЫКВА, подогнанная под 1-е склонение, это уже более позднее переосмысление.